Одновременно с отходом основных сил OOP специально выделенные команды под общим руководством начальника инженерных войск Приморской армии полковника Г. П. Кедринского уничтожили или вывели из строя важные в военном отношении объекты. Около трех часов ночи были взорваны береговые и зенитные батареи, выполнившие свою последнюю боевую задачу — прикрытие отхода наших войск.

С первого и до последнего дня обороны мужественно нес боевую вахту коллектив Одесского морского порта, в котором трудилось около 1800 человек. Выполнять ответственное задание по эвакуации людей и боевой техники приходилось в условиях, когда большая часть подъемных механизмов уже была демонтирована и отправлена в кавказские порты. Однако советские патриоты сумели преодолеть все возникшие трудности. Работа в порту была заблаговременно спланирована до мельчайших деталей. Группы грузчиков, механизаторов, инженерно-технических работников порта, закрепленные за судами, обеспечивали организованную и быструю перегрузку техники, посадку людей. Высокую оценку трудовому подвигу одесских портовиков дал командующий Черноморским флотом вице-адмирал Ф. С. Октябрьский: «В самый тяжелый период обороны, когда было принято решение оставить Одессу, во время отхода в Крым армии и частей флота с 1 по 16 октября 1941 года, в момент оставления Одессы, порт проделал особо ответственную, тяжелую и сложную работу по обеспечению погрузки войск, боевой техники и населения, показав делом свою преданность и любовь к Советской Родине»1. И только после завершения посадки войск и эвакуируемого населения на суда портовики оставили свои рабочие места и отправились к стоящим на рейде транспортам.

В числе последних оставляли город руководители областного и городского комитетов партии, исполкомов областного и городского Советов депутатов трудящихся.
Пользуясь темнотой, арьергардные подразделения Приморской армии, прикрывавшие отход главных сил, оставили передовые позиции и к 4 часам утра прибыли к месту посадки. Их у причалов ожидали тральщики «Щит», «Мститель», «Якорь» (командир дивизиона капитан-лейтенант В. А. Янчурин), которые доставили прибывших на крейсеры «Красный Крым» и «Червона Украина» и на эсминцы. Затем тральщики приняли в порту на борт последних защитников города.
Так в течение нескольких часов были осуществлены отход и посадка основных сил Одесского оборонительного района: 35 тысяч человек с личным оружием и боевой техникой.

В 5 часов 10 минут 16 октября из Одесской гавани вышел последний транспорт.

«После погрузки арьергардов,— писал впоследствии генерал И. Е. Петров, — особо сформированные команды метр за метром проверяли территорию порта — не остался ли кто, не забыто ли что-нибудь из боевого имущества. Командные пункты армейского и морского командования были свернуты лишь тогда, когда командир порта капитан 1-го ранга Макаренко сообщил, что порт чист «под иголочку». Прошло еще полчаса, и в пять тридцать 16 октября оперативный дежурный доложил командованию: «Эвакуация Одессы полностью завершен на. Потерь ни в людях, ни в технике нет»1. В 5 часов 30 минут в море вышел крейсер «Червона Украина», на борту которого находились члены военных советов Одесского оборонительного района и Приморской армии и 1127 бойцов частей прикрытия.